传统光学显微镜的基本结构主要由机械部分、照明部分和光学部分(反光镜、聚光镜、光圈、目镜、物镜等) 组成。CLSM的基本结构除了光学显微镜部分之外，主要由激光光源、扫描装置、检测器、计算机系统(包括数据采集,处理,转换、应用软件)、图像输出设备、光学装置和共聚焦系统等部分组成。
CLSM 采用点光源代替传统光镜的场光源，CLSM 除了在照明光源前有一个针孔(pinhole) 外,在检测器前方也有一个针孔(图1)，光源针孔和检测针孔的位置相对于物镜焦平面是共轭的，即光点通过一系列的透镜最终可同时聚焦于光源针孔和检测针孔，也就是所谓的“共聚焦”。以激光做光源并对样品进行扫描，在此过程中两次聚焦，因此称为共聚焦激光扫描显微镜。其产生的光信号由检测针孔后的光电倍增管逐点接收后，转变为电信号传输至计算机,在屏幕上呈现为清晰的整幅焦平面的图象。点光源可通过对样品进行左右、上下的扫描来获得厚标本(可达400μm) 不同层面的图像，亦即可对细胞或组织厚片进行类似CT 断层扫描的无损伤性连续光学切片(optical sectioning)，连续光学切片经计算机三维重建的处理，能够从任意角度观察标本的三维剖面或整体结构[2] 。这是传统组织病理学所无法达到的。

共聚焦反射成像技术 (CRM)
·折射指数